Personajes secretos:

Python: Tienes que vencerlo por muerte de estamina en cualquier dificultad y completar el juego antes del 1 de enero de 1971 (fecha del juego). Al empezar una nueva partida estarán disponibles.

Cunningham: Sigue el mismo procedimiento con el que desbloquea a Python.

Null: Podrás desbloquearlo de la misma manera que a Python y Cunningham.

Sokolov: Para ello debes de entregarle la pintura Saturn V.

Raikov: Tienes que antes de iniciar la misión de la casa de la Guarda, mandar espías a Western Wilderness.

Teliko: Para ello necesitas una partida guardada de Metal Gear Acid.

Venus: Para ello necesitas una partida guardada de Metal Gear Acid 2.

Major Zero: Para ello necesitas una partida guardada de Metal Gear Solid: Digital Graphic Novel.

Elisa: Alcanza el nivel medico de 80.

Paramedic: Ponte a hablar con ella en la misión de la Torre Comm, y de esta forma estará en la misión del hospotal.

Gene: Tienes que reclutar a 80 soldados y vencerlo por muerte de estamina.

 Sigint: Ponte a hablar con él en la misión de la Torre Comm, y de esta forma estará en la ciudad.  Nuevos modos de dificultad:Camuflaje: Completa el juego con un nivel técnico de 99.

Extreme: Simplemente supera el juego.